Az ESZA Társadalmi Szolgáltató Nonprofit Kft.-t korábbi nevén ESZA Kht.-t - az előcsatlakozási alapok lezárása és a Strukturális Alapok fogadására való felkészülés küszöbén - azért alapították, hogy elsősorban az Európai Szociális Alap által támogatott foglalkoztatási, oktatási- és nevelési célú programokat hajtsa végre a foglalkoztatás növelése és a gazdaság élénkítése érdekében. Az akkor közhasznú társaság 2000 októberében jött létre kizárólagos állami tulajdonú kiemelten közhasznú minősítéssel rendelkező szervezetként, az akkori minisztériumok együttműködésében (OM, GM, SZCSM). A szervezet alapításának célja egy olyan intézmény létrehozása volt, amely hazánk EU-csatlakozásáig az Európai Szociális Alaphoz kötődő Phare programokat hajta végre. A csatlakozást követően, az uniós programokban szerzett tapasztalatait felhasználva, a Társaság a Strukturális Alapok intézményrendszerében közreműködő szervezeti feladatokat lát el.
A szervezet EDIS akkreditációja 2004-ben valósult meg, amelynek eredményeként az EU által is elfogadott, legitim „végrehajtó ügynökséggé” vált, és már az Európai Bizottság előzetes jóváhagyása nélkül tudott döntést hozni a Phare programokat érintő ügyekben. A Kormányzati Ellenőrzési Hivatal által - szintén 2004-ben - végzett vizsgálatot követően alkalmasnak bizonyult arra, hogy szerepet kapjon a Strukturális Alapok fogadásában, megszerezve a „közreműködő szervezet” minősítést. Ezzel megkezdhette részvételét a Nemzeti Fejlesztési Terv (NFT) Humánerőforrás-fejlesztési Operatív Programjának (HEFOP) megvalósításában.
A Társaság fennállásának első hat évében több mint 55 milliárd Ft támogatást kezelt, 4600 beérkezett pályázat bírálatáért felelt, és 1700 támogatott projekt monitorozását bonyolította, illetve kezdte meg. A munkatársi létszám folyamatosan nőtt - 2006 végére 80 fő fölé -, miközben az egy munkavállalóra jutó támogatási összeg is lényegesen nagyobb lett.
2006 decemberére megtörtént a szervezet ISO minőségirányítási rendszer szerinti tanúsítása is, mely hozzájárult a folyamatok további fejlesztéséhez, a jobb minőségű szolgáltatások nyújtásához.
2007. január elsejével jelentősen bővült a szervezet által ellátandó feladatok köre. A Szociális és Munkaügyi Minisztérium pályázatkezelő szervezeteként a terület hazai pályázatainak kezelését is ellátja. Ennek túlnyomó részét a Nemzeti Civil Alapprogram támogatási programjai adják. Az uniós támogatások terén a Humánerőforrás-fejlesztési Operatív Program (HEFOP) keretében az OM Alapkezelőtől és a Foglalkoztatási Hivataltól vett át feladatokat. Az Új Magyarország Fejlesztési Terv (ÚMFT) során pedig a Társadalmi Megújulás (TÁMOP), a Társadalmi Infrastruktúra (TIOP) és a Közép Magyarországi (KMOP) Operatív Programokban tölt be közreműködői szerepet, részt vállalva a foglalkoztatási, szociális, felnőttképzési, szakképzési intézkedések megvalósításában.
2009. május 20-tól az addig ESZA Kht. néven működő Társaság a gazdasági társaságokról szóló 2006. évi IV. törvény 365. § (2) bekezdésében foglalt jogszabályi követelménynek eleget téve, a Társaság tulajdonosi joggyakorlójának döntése alapján, alapító okiratának módosításával ESZA Társadalmi Szolgáltató Nonprofit Korlátolt Felelősségű Társasággá alakult át.